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CHIMICA COMPUTAZIONALE E un termine molto generale che include: - Meccanica Quantistica - Meccanica molecolare - Analisi conformazionale - Meccanica statistica.

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Presentazione sul tema: "CHIMICA COMPUTAZIONALE E un termine molto generale che include: - Meccanica Quantistica - Meccanica molecolare - Analisi conformazionale - Meccanica statistica."— Transcript della presentazione:

1 CHIMICA COMPUTAZIONALE E un termine molto generale che include: - Meccanica Quantistica - Meccanica molecolare - Analisi conformazionale - Meccanica statistica - Metodi di minimizzazione - Metodi di simulazione (Montecarlo, Dinamica,..) - Altri metodi basati sulluso del computer per la comprensione e la predizione del comportamento di sistemi molecolari E alla base dei metodi di progettazione razionale di farmaci

2 Orario Lunedi Venerdì ore Verifica Scritto con modalità da definire 6 crediti

3 Meccanica Classica o `Newtoniana' Si applica alle particelle macroscopiche ma perde di validità per quelle microscopiche (elettroni, nuclei) Le particelle sono descritte dalle loro posizioni istantanee r (t) e dalle velocità v = dr / dt La posizione istantanea r (t) di una particella definisce la sua traiettoria. r (t) è un vettore (x(t),y(t),z(t)) e definisce come evolve nel tempo la posizione della particella in un sistema di coordinate cartesiane (x,y,z)

4 Problema fondamentale: descrizione del moto di particelle sottoposte a varie forze Soluzione: si devono risolvere le equazioni differenziali derivanti dalla seconda legge di Newton Per una particella sulla quale agisce una forza F F = m a seconda legge di Newton v = d r / d t a = d v / d t = d 2 r / d t 2 F = m d 2 r / d t 2 equazione differenziale Tale equazione è vettoriale, cioè corrisponde a tre equazioni differenziali per le componenti x, y e z: F x = m d 2 x / d t 2 F y = m d 2 y / d t 2 F z = m d 2 z / d t 2 Risolvere tali equazioni differenziali significa trovare tre funzioni x(t) y(t) e z(t) che soddisfino le equazioni e che definiscono la traiettoria della particella. Questo è un problema matematico complesso solubile analiticamente solo in pochi casi e in genere si ricorre a metodi numerici programmati su computer.

5 Per un sistema conservativo per il quale può essere definito un potenziale la forza è il gradiente del potenziale F = - V vettore di componenti: - V(x,y,z) / x, - V(x,y,z) / y, - V(x,y,z) / z In una dimensione, ad esempio x, il gradiente è semplicemente la derivata rispetto a quella cordinata F x = - d V(x) / d x Consideriamo come esempio una particella legata ad una molla per la quale vale la legge di Hook F x = - k x forza direttamente proporzionale allo spostamento

6 Lequazione di Newton diventa -kx = m d 2 x(t) / d t 2 ovvero d 2 x(t) / d t 2 = -(k/m) x(t) Una soluzione di questa equazione è x(t)=A sin( t) con = (k/m) Infatti d x(t)/ dt = A (k/m) cos ( t) d 2 x(t) / dt 2 = A (k/m) [- (k/m) sin ( t)] = - (k/m) A sin( t) = -(k/m) x(t) Il potenziale corrispondente a questa forza è quadratico ed è particolarmente utile in chimica V(x)=1/2 kx 2 F x = - d V(x) / d x = -kx

7 MECCANICA QUANTISTICA Allinizio del 1900 varie osservazioni sperimentali resero evidente che la meccanica classica non si applica a fenomeni molecolari ed atomici. In particolare risultò che particelle microscopiche hanno una natura ondulatoria e questo poneva dei limiti alla determinazione simultanea della loro posizione e velocità. Lunghezza donda di de Broglie: = h/mv Principio di indeterminazione di Heisenberg: ( x)(m v) = h/4 Perdita di significato del concetto di traiettoria e quindi delle basi stesse della meccanica classica: non ha infatti più senso parlare della evoluzione temporale delle cordinate di una particella x(t), y(t), z(t). Nel 1926 Scrödinger sviluppò una teoria, nota poi come meccanica quantistica, che permette di descrivere matematicamente le proprietà ondulatorie delle particelle microscopiche. Mentre la meccanica classica associa ad una particella una traiettoria x(t), y(t), z(t) - posizione esatta della particella ad ogni istante t - la meccanica quantistica associa alla particella una funzione donda ( x,y,z ) tale che il suo quadrato | ( x,y,z )| 2 da la probabilità di trovare la particella nel punto dello spazio di coordinate x,y,z Sulla base di analogie col moto ondulatorio fu possibile ricavare lequazione fondamentale della meccanica quantistica, nota come equazione di Schrödinger [ - (h 2 /8 2 m) 2 - V(x,y,z) ] ( x,y,z ) = E ( x,y,z ) Equazione differenziale alle derivate parziali 2 = 2 / x / y / z 2 Laplaciano H = E H operatore hamiltoniano del sistema

8 Atomo di Idrogeno E costituito da un elettrone che si muove nel potenziale elettrostatico del nucleo fisso di carica +Ze Il potenziale che agisce sullelettrone è quello elettrostatico V= -Ze 2 /r e lequazione di Schrödinger diventa: [ - (h 2 /8 2 m) 2 - Z e 2 / r ] ( x,y,z ) = E ( x,y,z ) Tale equazione è risolvibile analiticamente in coordinate polari sferiche La funzione donda sarà ora funzione delle coordinate sferiche (r,, ) n,l,m (r,, ) = R n,l (r )Y l,m (, )

9 Le soluzioni sono infinite e dipendono dai numeri quantici n,l,m che sono semplicemente numeri interi o relativi che derivano dalla soluzione matematica dellequazione di Scrödinger e classificano le possibili soluzioni. Ciascuna di queste soluzioni corrisponde ad un orbitale atomico e costituisce uno stato del sistema n=1, l=0, m=0 100 (r,, ) orbitale 1s n=2, l=0, m=0 200 (r,, ) orbitale 2s n=2, l=1, m= -1,0, (r,, ) 210 (r,, ) 211 (r,, ) i tre orbitali 2p Significato fisico | 100 (r,, )| 2 probabilità che lelettrone nellorbitale 1s sia nel punto di coordinate (r,, ) attorno al nucleo | 200 (r,, )| 2 probabilità che lelettrone nellorbitale 2s sia nel punto di coordinate (r,, ) attorno al nucleo ……………….. Le energie dei vari stati dipendono solo da n sono dati dalla stessa equazione di Bohr E n = - R H Z 2 / n 2 R H costante di Rydberg

10 n,l,m (r,, ) = R n,l (r )Y l,m (, )

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12 2,1,0 (r,, ) = R 2,1 (r )Y 1,0 (, )= R 2,1 (r )·( 3/ )cos Orbitale 2p

13 Atomo Polielettronici Sono costituiti da N elettroni che si muovono nel potenziale elettrostatico del nucleo fisso di carica +Ze Lequazione di Schrödinger diventa: N N N N [ - (h 2 /8 2 m) i 2 - Z e 2 / r i + e 2 / r i,j ] = E i i i < j La funzione donda dipende ora dalle coordinate degli N elettroni (cioè da 3N variabili) ( x 1,y 1,z 1, x 2,y 2,z 2,….,x N,y N,z N ) Tale equazione è risolvibile analiticamente solo se si trascurano i termini di repulsione interelettronici e 2 / r i,j Infatti in tal caso lequazione di Schrödinger diventa N N [ - (h 2 /8 2 m) i 2 - Z* e 2 / r i ] = E Z* carica nucleare efficace i i N N [ - (h 2 /8 2 m) i 2 - Z* e 2 / r i ] = E H(i) = E i ed equivale matematicamente a N equazioni del tipo per latomo di idrogeno, con hamiltoniano H(i). Si dimostra che le soluzioni hanno la forma di un prodotto di N funzioni donda monoelettroniche identiche a quelle viste per latomo di idrogeno ( x 1,y 1,z 1, x 2,y 2,z 2,….,x N,y N,z N ) = 1 (x 1,y 1,z 1 )· 2 (x 2,y 2,z 2,) · · · N (x N,y N,z N )

14 Conviene ovviamente scrivere ciascuna funzione donda monoelettronica in funzione delle coordinate sferiche: i (x i,y i,z i ) = i n,l,m (r i, i, i ) = R in,l (r i )Y i l,m (, ) In questa approssimazione la funzione donda polielettronica ha formalmente la stessa espressione della configurazione elettronica considerata per quellatomo. Ad esempio per latomo di boro, Z=5, la configurazione elettronica 1s 2 2s 2 p 1 corrisponde alla funzione donda ( x 1,y 1,z 1,x 2,y 2,z 2,x 3,y 3,z 3,x 4,y 4,z 4,x 5,y 5,z 5 ) = 1s (x 1,y 1,z 1 )· 1s (x 2,y 2,z 2,)· 2s (x 3,y 3,z 3 )· 2s (x 2,y 2,z 2,)· 2p (x 3,y 3,z 3 ) in cui 1s è la 100 con n=1, l=0, m=0, 1s è la 200 con n=2, l=0, m=0, e così via. Per un dato atomo le soluzioni possibili sono infinite e corrispondono alle possibili configurazioni elettroniche cioè ai possibili modi (infiniti) di distribuire gli elettroni sui vari orbitali Quello più in basso in energia è lo stato fondamentale tutti gli altri sono detti stati eccitati

15 Caso molecolare Nel caso molecolare la situazione è molto più complessa, principalmente per due ragioni 1) La funzione donda dipende anche dalle coordinate nucleari oltre che da quelle elettroniche = (nuclei,elettroni) Ad esempio per la molecola di H 2, con 2 nuclei e due elettroni, si ha ( X 1,Y 1,Z 1,X 2,Y 2,Z 2 ;x 1,y 1,z 1,x 2,y 2,z 2 ) X 1,Y 1,Z 1 e X 2,Y 2,Z 2 coordinate dei nuclei 1 e 2 x 1,y 1,z 1,x 2,y 2,z 2 coordinate degli elettroni 1 e 2 2) Nellequazione di Schrödinger compaiono anche le derivate rispetto alle coordinate nucleari Questi due problemi sono risolti disaccoppiando il moto nucleare da quello elettronico in accordo con lapprossimazione di Born-Oppenheimer Le masse dei nuclei sono molto maggiori di quelle degli elettroni (1836 volte il protone) e quindi i nuclei sono molto più lenti. Di conseguenza gli elettroni possono aggiustarsi quasi istantaneamente ad ogni variazione delle posizioni dei nuclei.

16 Da un punto di vista matematico ciò implica che la funzione donda può essere scritta nella forma (nuclei,elettroni) = (elettroni)· (nuclei) e si possono scrivere due equazioni di Schrödinger separate una per gli elettroni ed una per i nuclei In pratica si risolve lequazione di Scrödinger per gli elettroni con i nuclei fissi per varie posizioni nucleari. H el (elettroni) = E el (elettroni) Lenergia elettronica così ottenuta dipende indirettamente dalle coordinate nucleari e la funzione E el (nucleari) così ottenuta costituisce il potenziale nel quale si muovono i nuclei e che va inserito nellequazione di Schrödinger per i nuclei H nucl (nuclei) = E nucl (nuclei) Poichè i nuclei sono particelle relativamente pesanti in pratica il moto nucleare può essere trattato con la meccanica classica cioè con le equazioni di Newton in cui il potenziale è proprio la funzione E el (nucleari) Questapprossimazione è alla base del metodo della meccanica molecolare: i nuclei di una molecola sono considerati con la meccanica classica e la funzione di energia potenziale è trattata empiricamente come somma di semplici contributi (legami chimici, interazioni elettrostatiche,..) tra i vari atomi.

17 Molecole biatomiche Per una molecola biatomica lenergia elettronica dipende solo dalla distanza internucleari R e basta risolvere lequazione di Scrödinger elettronica per varie distanze. Lenergia elettronica calcolata riportata in funzione di R, E el (R), da lenergia potenziale dei nuclei in funzione della distanza internucleare e permette di calcolare la distanza di equilbrio e lenergia di dissociazione. Molecola H 2

18 Coordinate nucleari interne Per una molecola biatomica le coordinate nucleari sono complessivamente 6: 3 coordinate cartesiane per ciascuno dei nuclei, X 1,Y 1,Z 1 e X 2,Y 2,Z 2 Lenergia potenziale dipende però da una sola coordinata, la distanza internucleare R Questa è lunica coordinata interna cioè lunica coordinata che descrive il moto relativo dei nuclei del sistema. Infatti delle sei coordinate nucleari, tre descrivono il moto del centro di massa della molecola e due la sua orientazione cosicchè le coordinate interne sono 6-3-2=1 In generale per una molecola costituita da N atomi, le coordinate complessive sono 3N e quelle interne 3N-5 se la molecola è lineare o 3N-6 se la molecola non è lineare. La scelta delle coordinate interne non è univoca ma in genere si scelgono distanze di legame, angoli di legami e angoli diedri Ad esempio per lacqua, 3 atomi: Coordinate complessive: 3·3=9 Coordinate interne: 3·3-6=3 due distanze di legame O-H e langolo H-O-H


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